De acordo com o manual jhbuild instalação , ele deve verificar se você já tem o gnome-common , gnome-doc-utils e autotools programas já instalados e, caso contrário, usarão a abordagem Makefile .
Sugiro que você instale os pacotes acima com apt-get install primeiro e tente executar o comando ./autogen.sh novamente.
Estou assumindo que você está usando o este guia oficial sobre como instalá-lo.