No lado da GPU, há NVClock e a interface gráfica nvidia, ambas suportando overclocking de placas Nvidia.
No que diz respeito ao overclocking de CPU, não há muito para isso no Linux, e você provavelmente acabará nas configurações da BIOS. As coisas são muito diferentes no Windows, onde muitos fabricantes de placas-mãe enviam drivers e utilitários para overclocking de uma GUI sem inicializar as configurações do BIOS.
Underclock , por outro lado ...