Do lado do shell, você pode ver o processo pai do shell e incluí-lo no título de alguma forma:
ps -o comm= -p $(ps -o ppid= -p $$)
Ou a partir do seu script, você pode usar o atributo de classe da janela, que é a terceira coluna:
wmctrl -x -l
Se você compartilhar o script que estiver usando, talvez seja possível fornecer uma resposta mais específica.