No meu sistema, Ubuntu, recebo a mesma mensagem quando inicio se do terminal ... Essa mensagem em si não é um erro, porque roda perfeitamente ... Ela aparece como um ícone no meu painel superior ... A primeira vez que eu corri, eu também me perguntei o que estava acontecendo
Após a instalação inicial, se nada aparecer no seu menu principal, você pode iniciar a GUI de Configuração via:
autokey -c
or
autokey --configure