Concordo que isso faz uma enorme diferença na usabilidade. Eu acho muito importante poder clicar triplicar e copiar / colar linhas que foram quebradas. Existem duas formas de funcionar corretamente. Clicar três vezes (e clicar em arrastar) seleciona o final da linha para a próxima linha visível, sem nenhum CR inserido. Ou então, clique triplo seleciona apenas uma linha visível, mas quando você colá-lo, não há CR.
A maneira quebrada é quando o clique triplo seleciona apenas a linha visível e, em seguida, assume um CR no final quando cola. Eu tenho visto mau comportamento do terminal xterm e gnome. Eu vi um bom comportamento do aplicativo Mac Terminal e do iTerm, que é outro aplicativo de terminal para Mac.
Não tenho dicas para transformar uma situação ruim em uma boa que não seja tentar um programa de terminal diferente. Tenho certeza de que isso se liga ao fato de o programa terminal realmente se lembrar dos locais de todos os CRs que ele vê, ou simplesmente interpretar o CR e, em seguida, esquecê-lo.