Esta resposta assume que 1) o comando de alarme da bateria estava funcionando (ou teria funcionado), e 2) a razão pela qual ele parou de funcionar é porque você removeu um pacote importante.
Primeiramente, verifique se você tem o "pacote meta" apropriado instalado para o seu sabor do Ubuntu. Para LUbuntu, acho que você deve ter ubuntu-standard e lxde-core instalado e, se não tiver certeza, provavelmente também deve ter lxde instalado.
Em segundo lugar, verifique os pacotes que são "recomendados" por outro pacote, mas que você removeu. A boa notícia é synaptic tem um filtro embutido para isso! No painel esquerdo, mude para "filtros personalizados" e selecione "recomendações ausentes".
Às vezes, isso mostra pacotes que não são necessários e, às vezes, não está claro o motivo. Mas, em geral, é uma ótima maneira de procurar por pacotes que você poderia ter deixado melhor instalados: -).
Se você passou por essas etapas e o comando de alarme da bateria ainda não funciona, o problema provavelmente é causado por outra coisa.