Eu não acho que passar por cima de campos seja o que você quer aqui. Em vez disso, basta olhar o número do registro (ou o número do registro do arquivo para permitir que ele trabalhe em vários arquivos) módulo 5:
$ awk '!((FNR-1)%5) || $2 > max {x = $0; max = $2} !(FNR%5) {print x}' file
3 279
7 479
-
se
FNR
for 1,6, ... OU$2
for maior que a corrente máxima, salve a linha atual / max -
se
FNR
for 5,10, ... imprima a linha atual / max