Eu tive o mesmo problema e entrei em contato com o desenvolvedor do xscreensaver para obter ajuda. Ele respondeu sugerindo que eu tentasse executar o log detalhado.
$ killall xscreensaver
$ /usr/bin/xscreensaver -verbose -log xscreensaver.log
Em seguida, configurei a proteção de tela em branco após 1 minuto e bloqueio após 0 minuto (imediatamente em branco).
Seguir os logs em outro terminal com o comando tail -f xscreensaver.log
permitiu que eu visualizasse os logs em tempo real.
Eu encontrei o seguinte erro:
xscreensaver: 09:13:46: WARNING: RANDR and Xinerama report different
xscreensaver: 09:13:46: screen layouts! Believing RANDR.
Isso me levou a testar e concluir que o problema só ocorre quando as telas estão sobrepostas. O problema ainda não está resolvido, mas para mim a solução foi garantir que não haja sobreposição nas telas.