Você pode usar o gerenciador de arquivos (por exemplo, Nautilus
ou Nemo
) e usar o set zathura como padrão para abrir a opção para pdf no menu de propriedades.
No entanto, a maneira padrão é usar o XDG-MIME na linha de comando. Primeiro você pode encontrar qual é o nome do mime para arquivo particular (aqui pdf). Então você verá seu visualizador de pdf atual e, finalmente, poderá definir seu pdf preferido:
Para descobrir o aplicativo padrão para um tipo específico de arquivo
> xdg-mime query filetype Documents/test.pdf
application/pdf
Para descobrir o mimo da extensão
> xdg-mime query default application/pdf
okularApplication_pdf.desktop
para definir o aplicativo padrão para um mimetype
> xdg-mime default zathura.desktop application/pdf
para testar se aplicado com sucesso
> xdg-open test.md