Algo criou o diretório .drjava com a propriedade de raiz (ou mais tarde, assimilou). Você precisará redefinir isso para ser seu usuário:
sudo chown pypaut:pypaut ~/.drjava
Se você não tiver autoridade de nível raiz para fazer isso, poderá renomear o diretório:
mv ~/.drjava ~/.aside-drjava
mkdir ~/.drjava