Poderia, por favor, publicar o conteúdo de um / alguns dos seus arquivos * .desktop? Pode ser que eles não estejam formatados corretamente.
(Eu teria apenas comentado, mas aparentemente não tenho pontos suficientes para fazer isso)
Editar: peço desculpas. Eu não li sua pergunta com cuidado & não percebeu que a questão real era que a área de trabalho não estava ativa & os ícones não estavam aparecendo (mesmo com o fato de que o título é muito claro).
Eu não uso o Gnome 3, mas há algumas informações na web em sua configuração de desktop. Este post , de Joe Steiger, diz para lançar dconf-editor & navegue até " org > gnome > área de trabalho > fundo " & marque a caixa " show-desktop-icons ".
Eu deveria ter me lembrado sobre o dconf-editor . Eu não acho que usei isso desde que comecei a usar o Linux Mint com o Cinnamon Desktop. De qualquer forma, espero que isso resolva o seu problema.