Primeiro, você precisa seguir esta questão e instale a versão necessária do PHP que suporta GD versão 2.1.0
então você pode instalar sua versão necessária do GD de acordo
sudo apt-get install php5-gd
NOTA: o php5.4 não é compatível com o GD > = 2.1.0
Consegui isso com essa pergunta, embora pareça que ele tenha instalado os dois GDs na mesma máquina
libgd2-xpm
2.0.36~rc1~dfsg-6ubuntu2 GD Graphics Library version 2 ii libgd2-xpm:i386
2.0.36~rc1~dfsg-6ubuntu2 GD Graphics Library version 2 ii libgd3
2.1.0-2~precise+1 GD Graphics Library php5-gd
5.4.17-4+debphp.org~precise+1 GD module for php5