Você pode colorir as letras individuais manualmente selecionando uma letra e escolhendo uma cor na ferramenta de texto na tela.
Se você quiser coisas extravagantes, use os itens file -> create -> logo . (Não tenho certeza sobre os nomes exatos, meu GIMP está traduzido.) Eles criam novas imagens, mas você pode mesclar todas as camadas (ou apenas algumas delas) e copiar a camada resultante na imagem que está editando.
IDK sobre o uso do GIMP na linha de comando.