a tarefa dada para mim é escrever um script no linux para fazer loops automaticamente nos arquivos de entrada. Eu dei 400 arquivos em uma pasta e cada arquivo tem contigs com cabeçalho. Então, agora, eu preciso renomear o arquivo e o cabeçalho do contigs em cada arquivo com numeração em ordem crescente. Meu script funciona quando lida com contigs. Mas, meu loop para a entrada não está funcionando. Alguém poderia me ajudar a resolver isso? Obrigado. (Abaixo está o meu script)
for f in home/intern/folder/strains
do
awk '/^>/{print ">$f_contigs" ++i; next}{print}' <$f.fa> $f_contigs.fa
done