No arquivo de configuração de inicialização mysql , digamos /etc/my.cnf , haveria uma entrada com o nome datadir
[pode variar de sistema para sistema, no seu caso parece ser /etc/mysql verificar seu script de inicialização mysql em /etc/init.d se houver algum, para o arquivo de configuração exato que está sendo usado]
[mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
Portanto, se o seu diretório de dados, por exemplo, datadir for perdido, os dados serão eliminados, a menos que você tenha mysqldump do banco de dados inteiro.
A propósito, apenas ter um arquivo .frm não será suficiente. Se as tabelas foram criadas usando o mecanismo MyIsam , os arquivos .MYI e .MYD , juntamente com .frm , deverão estar lá