Como já foi dito, ferramentas como atop , iotop , htop , iostat não foram úteis.
blktrace -d /dev/sda -o - | blkparse -i - me mostrou que parted , smartctl e um outro processo ( udevd ?) acessou o disco.
Estranhamente, nenhum arquivo de configuração tinha o smartctl ativado ...
auditd finalmente me ajudou a rastrear o criador de problemas, revelando a correlação entre o início do smartctl e o webmin . webmin verifica periodicamente a temperatura dos discos rígidos, esta opção pode ser desativada em Webmin --> Webmin --> Configuration --> Background Status Collection . Deve-se também desabilitar as opções Collect system status in background e Collect available package updates .