Estou usando o Telegram Desktop no Debian 8.7. Ele inicia automaticamente mesmo que eu não tenha criado nenhum arquivo .desktop em ~/.kde/Autostart . É muito chato, pois não quero que sua janela apareça maximizada, mas prefiro iniciá-lo com o sinalizador --startintray.
Eu também tentei criar o arquivo .desktop na pasta Autostart, mas isso não substitui esse comportamento estranho.
Ao abrir os serviços em execução, posso ver por que isso ocorre (por que o telegrama é aberto por si só). Eu recebo a seguinte dica quando eu examino "Telegram" com o cursor:
Remova-o de ~/.config/autostart/ . Ou, se estiver presente em /etc/xdg/autostart , copie-o para ~/.config/autostart/ e edite-o como desejar.