Você pode tentar usar uma regra udev
.
Por exemplo, você pode criar um arquivo /etc/udev/rules.d/99-disable-eth.rules
com o seguinte conteúdo:
ACTION=="add", SUBSYSTEM=="net", SUBSYSTEMS=="pci", RUN+="/bin/sh -c 'echo 1 >/sys/bus/pci/devices/0000\:04\:00.0/remove'"
Sinta-se à vontade para personalizá-lo ainda mais para adicionar itens mais específicos, como o atributo do fornecedor, o nome da interface, etc.
Dê uma olhada no link para mais exemplos e informações adicionais sobre como escrever regras do udev.