Como você conseguiu fazer isso no LXDE? Não deveria ser diferente disso; afinal, as tecnologias na base são as mesmas.
Como o LXDE não possui um painel de controle específico ou algo do tipo, suspeito que você tenha adicionado algum comando a algum arquivo de inicialização? Isso também funcionará com a área de trabalho do mate. Se você não encontrar nenhum arquivo de inicialização, use sempre o ~/.Xsession
para lidar com isso. Nesse arquivo, você primeiro teria que colocar o (s) comando (s) que configuram o seu touchpad, e depois disso você colocaria o comando correto para iniciar o desktop.
Esta solução funcionará para qualquer ambiente gráfico que você esteja usando, não apenas para mate.