Eu tenho um driver ruim ou algo assim, mas vejo que esse é um bug antigo que nunca foi corrigido.
Às vezes, meu monitor fica tão profundamente adormecido após um longo período de inatividade - 10 horas ou mais que somente a reinicialização do computador as ativará. É sempre aquele conectado ao HDMI que é 2560x1440, outro DVI conectado 1920x1200 funciona bem.
Estou procurando uma maneira um pouco menos strong, mas isso funciona. Porque esse material é ineficaz: link
Também não sabe onde reportar o bug (onde é importante). Eu estou no linux mint 18, mas também vejo um problema no fedora 17: link