Os plug-ins de sintaxe e filetype podem substituir suas configurações padrão. A razão para isso é que eles são aplicados mais tarde, quando o arquivo é aberto, ao contrário de quando o vim é iniciado.
Para contornar isso, você pode fazer algo como:
autocmd FileType * set nocindent
Basicamente, isso resulta em chamar set nocindent toda vez que um arquivo é aberto.
Altere o * para c se desejar que isso seja aplicado somente aos arquivos c .