Eu consegui isso usando o pass utilitário gerenciador de senhas.
Depois de adicionar o token em pass , adicionei a seguinte entrada no .gitconfig :
[github]
token = "!pass github/token"
A maneira como o pass funciona é criptografar as senhas usando uma chave GPG. Assim, toda vez que o token for acessado, pass solicitará que você insira a senha de sua chave GPG.