EDIT: O que é riscado é apenas uma correção temporária. O problema ocorreu novamente rapidamente depois. Indo para Configurações > Geral > Opções diversas e desativando "Ativar suporte para indicadores" corrigiu o problema para mim. Procurei no log ~/.cinnamon/glass.log e descobri que um dos indicadores (cliente owncloud) ficava reiniciando a cada 30 segundos, causando o problema.
Tudo bem, resolvi o problema.
Renomeie ~/.cinnamon para ~/.cinnamon-bak .
No meu caso, pelo menos, minha versão de ~/.cinnamon existe há muito tempo. Removendo esta pasta (fazendo com que ela seja recriada), corrige o problema e não há mais picos de defasagem a cada 30 segundos!