Eu tive brevemente o mesmo problema com a versão 2.8.16 do GIMP no Linux Mint 18.3 Sylvia 64-bit, Kernel Linux 4.10.0-42-genérico x86_64, MATE 1.18.0. Eu acho que o problema foi com o tema. Desde que usei os temas do Mint-X, tive o mesmo problema. O problema foi resolvido alterando o tema para Ambiance, Radiance ou qualquer outro tema além da série de temas Mint-X. Apesar de não abordar exatamente o que está causando o problema, pelo menos ele foi resolvido.