Se o binário para incrontab (que eu não sei, nunca usei) não tiver seu bit SGID definido, isso pode causar esse tipo de comportamento estranho.
Defina com chmod g+s /path/to/binary
(/ usr / bin / incrontab, talvez?)
Você pode avaliar se está definido por:
ls -l /path/to/binary
(exemplo)
ls -l /usr/bin/crontab
-rwxr-s--x 1 root crontab 44336 Jun 23 18:47 /usr/bin/crontab