Se a memória não me falha, o nome do tema Icon não é Ubuntu-mono-dark mas Humanity.
Desde que fiz o upgrade para 13.10, os ícones no painel Unity aparecem no tema padrão do Gnome, em vez de Unity.
Aqui está uma captura de tela: link
Tanto a ferramenta de ajuste de unidade quanto as ferramentas de ajuste do gnome mostram que o tema do ícone selecionado é o Ubuntu-mono-dark.
A execução de setsid unity corrige os ícones da sessão atual, mas após o login novamente, os ícones retornam ao tema padrão do Gnome.
Se a memória não me falha, o nome do tema Icon não é Ubuntu-mono-dark mas Humanity.