Eu tive exatamente o mesmo problema aqui no Ubuntu 13.10. Eu resolvi adicionando a linha:
HandleLidSwitch=lock
no arquivo /etc/systemd/logind.conf
.
E, em seguida, usando este comando para efetivar as alterações:
sudo restart systemd-logind
Espero que também resolva o seu problema. Tenha um bom dia.