Você tem que escrever um script de shell de inicialização que desabilite o equalizador de áudio de pulso e coloque o volume de áudio no nível desejado.
Para criar isso, você deve:
1) crie um script e edite-o de acordo com suas necessidades. Vamos dizer, você chama de pulseaudio.sh
2) copie esse script para /etc/init.d
3) execute os seguintes comandos:
sudo update-rc.d pulseaudio.sh defaults
sudo chmod +x /etc/init.d/pulseaudio.sh