As últimas atualizações do Fedora 23 parecem incluir uma correção.
Agora o mouse funciona novamente como esperado em programas Java.
Mesmo com a configuração da variável de ambiente DESKTOP_SESSION=gnome
padrão.
(Com o sqldeveloper-4.1.2.20 você também não precisa desmarcar
Variável de ambiente GNOME_DESKTOP_SESSION_ID
- foi necessária em versões anteriores.)
Eu suspeito que a correção estava em um pacote relacionado ao gnome / xorg, por exemplo %código%. Java (openjdk) em si certamente não foi atualizado.