Parece que algo deu errado no Fedup. Como todo sistema que está sendo executado há algum tempo e teve alguns pacotes adicionados e removidos é efetivamente único, isso, infelizmente, acontece algumas vezes.
De seus comentários, você tem alguns pacotes duplicados e outros problemas; para corrigir isso, certifique-se de ter o pacote yum-utils
instalado e execute
sudo package-cleanup --cleandupes
e depois
sudo package-cleanup --problems
(se houver outros, limpe-os.
Em seguida, execute
sudo yum distro-sync
que garantirá que os pacotes instalados coincidam com a versão que você está executando.