Sim, você pode reinicializar o sistema a partir de um script de inicialização, pelo menos no Ubuntu 12.04, mas não vejo razão para outros sistemas não.
Enquanto estiver experimentando, seja extremamente cuidadoso você não entra em um loop contínuo de reinicialização. Quando fiz isso, primeiro fiz um script de init que saiu prematuramente, se um determinado arquivo não existia, e excluí esse arquivo, logo após a verificação, se ele existisse. E testamos isso antes de prosseguir.
Você deve parar os scripts antes de alterar seus links K, mas provavelmente já deve fazer isso. Se você também iniciar processos para os quais você cria links S, em teoria não é necessário reinicializar, mas posso imaginar que as alterações sejam melhor verificadas diretamente para correção, do que após uma reinicialização futura.