Parece que este escalonamento é realmente controlado pelas Configurações do GNOME e é independente do Wayland:
gsettings set org.gnome.desktop.interface scaling-factor 1
Isso corrige as coisas para mim.
Espero que o Wayland ainda traga uma solução incrível no nível do servidor de exibição para lidar com DPIs diferentes em monitores diferentes.