Você pode simplesmente executar:
dos2unix <filename>
Isso removerá todos os caracteres ^M do arquivo. ^ M é o caractere de retorno de carro gerado em um ambiente DOS. O comando dos2unix apenas converte o arquivo do DOS para o formato Unix.
Para remover os caracteres ^H e ^G , use sed :
sed -i 's/\^H//g;s/\^G//g' <filename>