Ao executar um script init.d, a menos que você forneça explicitamente o arquivo .my.cnf no script init.d, ele não será usado. Tipo como crontab. Então, tente pesquisar e ver se funciona.
Em uma nota diferente, esse script precisa fazer login no banco de dados como usuário root? Eu entendo por que o usuário do nível do SO precisa ser root, mas por que um usuário tão privilegiado no próprio banco de dados?