Depois de alguns meses, eu realmente não tenho uma 'correção' para oferecer a esse problema específico.
No entanto, tentei novamente a instalação usando o 13.04, e o rEFInd em vez do rEFIt, e consegui carregar o Ubuntu suavemente no mesmo Macbook Pro Retina. Siga as estas instruções, e você provavelmente terá mais sorte.