Não tenho ideia do que poderia estar causando esse problema, mas tenho algumas sugestões sobre onde começar uma solução alternativa:
Tente criar uma nova conta de usuário e fazer login nela. Em seguida, inicie seus aplicativos e veja se o mesmo problema acontece. Se não, copie seus documentos para a nova conta de usuário e use essa conta em vez da antiga.
Se o problema não estiver localizado na sua conta de usuário, tente inicializar o Ubuntu com um pendrive ou pendrive. Veja se o problema ainda acontece. O mais provável é que não. Se for esse o caso, então uma maneira certa de corrigir o problema é reinstalar o Ubuntu.
No entanto, eu usaria o disco 13.04 live, já que não há muito problema em reinstalar uma versão antiga do sistema operacional, a menos que haja um problema específico com a nova versão que você precise evitar.