Usar os.system() no Python para fazer com que a saída chame um comando não é o caminho a seguir. Para comandos únicos, você pode usar a função check_output() do módulo subprocessado.
Na sua situação, eu daria uma olhada no plumbum que permite fazer coisas em python como :
from plumbum.cmd import zcat, grep
chain = zcat["your_file_name.gz"] | grep["-i", "pattern"]
result = chain()
E, em seguida, obtenha os números de que você precisa da variável result (uma string).
Você precisará instalar plumbum usando pip ou easy_install