Como sugerido por LatinSuD, isso deve funcionar:
cat > ~/FIFA09.sh << EOF
#!/bin/bash
wine /path/to/FIFA09.exe
EOF
Então
chmod +x ~/FIFA09.sh
E, finalmente, isso criará um script bash executável em seu diretório, que você pode mover em seu próprio ritmo e executar no diretório com ./ Ou mova-o para o seu caminho para executá-lo como um executável normal.