Você pode fazer isso. Nesse caso, você precisa inicializar o FPGA antes do ARM. Assim você pode ler a chave do FPGA. A realização final depende das suas preferências. Pode ser simplesmente ler a chave localizada na memória compartilhada dentro do chip. Ou você pode implementar algum protocolo de comunicação entre o FPGA e o U-Boot. Vale a pena considerar se você pode descriptografar rootfs no FPGA. Você terá aceleração de hardware dessa maneira.