Os favoritos do Firefox são armazenados no banco de dados places.sqlite na sua pasta de perfil. Parece que eles estão divididos nas tabelas moz_bookmarks e moz_places. Você teria que escrever um script para juntar os dados e escrevê-lo em HTML.
Minha instalação do Windows Firefox 30 tem um diretório de bookmarkbackups no meu perfil. Tem marcadores no formato JSON