Solução em duas partes:
Windows / ext2fs: Use a opção para criar um ponto de montagem que será ativado na inicialização. Isso parece funcionar em torno do UUID (tentei apenas uma inicialização até agora, então vamos ver).
Linux / fstab: basta configurar os pontos de montagem por etiqueta:
LABEL=Elements1 /media/elements1 [...]
LABEL=Elements2 /media/elements2 [...]