Eu acho que o LaTeX é uma boa ferramenta aqui.
Uma boa abordagem no segmento Como rodar a imagem 90 se a altura é grande? que não consegue resolver o caso onde Ambas as dimensões são maiores que o tamanho da página.
Não encontrei nada relevante em pdfjoin e / ou exiftool para a tarefa.
O gabinete precisa gerenciar a orientação de muitas fotos, não apenas imagens individuais.
exiftool é sobre uma imagem, enquanto o LaTeX pode manipular a orientação de muitas fotos.