Em princípio, essas são as mesmas coisas.
No entanto, ao usar um pacote de backports, você pode saber que o pacote foi testado para funcionar especificamente com o sistema Debian.
Além disso, o pacote será instalado de acordo com as regras específicas do Debian, ou seja, os scripts start / stop são feitos de acordo com os padrões Debian, arquivos de pacotes são instalados em locais de acordo com o padrão Debian, etc.
O único benefício de compilar a partir da fonte é que você receberá a versão mais atual dessa maneira.
Eu sempre usaria a versão de backports, isso torna a administração muito mais fácil.