Bem,
Esta é a solução, se alguém precisar:
Depois de remover o status do apparmor skype, você precisa recarregá-lo manualmente (não será feito sozinho na reinicialização):
sudo /etc/init.d/apparmor reload
E ... tudo funciona bem. Você poderia reinstalar adicionalmente o sni-qt (no meu caso, ele foi realmente removido) e então recarregar o status do apparmor.