Como você quer executar um script cgi, o apache2 não precisa saber sobre o perl. Então, eu removerei a diretiva SetHandler
.
Para depurá-lo, veja seu /var/log/apache2/error.log
ou similar. Seu diretório tem que ser acessível pelo apache. O script que você gosta de executar precisa ter o sinalizador de execução definido.
Exemplo de configuração:
ScriptAlias /cgi-bin/ /var/www/cgi-bin/
<Directory "/var/www/cgi-bin/">
AllowOverride None
Options +ExecCGI -MultiViews
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>