katonag,
tente adicionar --exclude '/home/foo/.*/' ou --exclude '/home/foo/.*/**' no começo, por exemplo.
--exclude '/home/foo/.*/' --include '/home/foo/.*' --exclude '**'
.
testes de duplicidade em / excluir por ordem dada. então, o acima se traduz em
- /home/foo/.*/
+ /home/foo/.*
- **
em que a primeira corresponde a .folder , mas não a .file , que corresponde à segunda diretiva e a terceira exclui todo o resto.
se /home/foo/.*/ não funcionar, tente /home/foo/.*/** . isso porque o código de correspondência de duplicidade pode não diferenciar entre arquivos e pastas, não tenho tempo para testar isso.
boa sorte .. ede / duply.net
PS: há um capítulo na página do manual da duplicidade sobre / link