leia o bom manual do rsync:
It is famous for its
delta-transfer algorithm, which reduces the amount of data sent over
the network by sending only the differences between the source files
and the existing files in the destination.
Acho que você está lendo e / ou não, não escreve. Tem certeza de que o rsync sobrescreve os arquivos e não apenas verifica o conteúdo deles?