Inverta o arquivo, remova as duas primeiras linhas e remova a vírgula na terceira linha. Em seguida, reverta os resultados.
tac file | sed '1,2d; 3s/,$//' | tac
Para voltar ao mesmo arquivo:
... | tac > tmp && mv tmp file
ou, usando sponge
do pacote moreutils
:
... | tac | sponge file
Pensando bem, esta será uma ótima maneira de fazê-lo: ed é na verdade um editor de arquivos para que você possa fazer suas edições e salvar.
ed file <<'END'
$-1,$d
$s/,$//
wq
END