Se você procurar em httpd.conf , pesquise Include e / ou IncludeOptional . Sua (bem, sua distro) httpd.conf é o que instrui o Apache a carregar conf.d ; Assim, também determina quando é carregado vs. as diretivas em httpd.conf .
O que acontece se você tiver duas das mesmas diretivas na configuração é complicado. Depende, pelo menos, da diretiva; alguns (por exemplo, Require ) adicionam aos anteriores. Alguns os modificam ou sobrescrevem, dependendo da sintaxe exata usada (por exemplo, Options ). Da mesma forma, a configuração global e a configuração per-vhost (e por diretório e por localização e ...) se combinam de maneiras interessantes. Você precisa verificar os documentos do Apache para detalhes.