O utilitário grep pode ler padrões de um arquivo e combiná-los com o conteúdo de outro arquivo. Nenhum loop no shell é necessário.
$ grep -f patterns file
Usando os dois arquivos que você tem em sua pergunta (o arquivo 1 é file enquanto o arquivo 2 é patterns ), isso produz
qwerty
qwerty
tttttt
Para corresponder aos padrões de patterns como sequências fixas (não expressões regulares), adicione -F :
$ grep -F -f patterns file
Para o exemplo dado, isso produz o mesmo resultado que sem -F .
Para forçar a correspondência em linhas completas, adicione -x :
$ grep -x -F -f patterns file
tttttt
Como qwerty não corresponde a qwert completamente, essas linhas não são retornadas.